正殿是有稻荷大神鎮座的神聖建築，祭典與祈禱都在此舉行。位於內拜殿深處的流造式朱紅色正殿建於1499年，至今已有約500年以上歷史，已被指定為重要文化財產。
正殿裡奉祀位的宇迦之御魂大神，以及佐田彥大神、大宮能賣大神、田中大神、四大神這五位神明，合稱稻荷大神。
正面的唐破風以及橫樑上的承重結構“蛙股”都雕刻有華麗的鳳凰或花朵圖形。