本殿は稲荷大神が鎮まる神聖な建物で、祭典や祈祷が行われます。内拝殿の奥にある流造り朱塗りの本殿は1499年に建立され、約500年以上が経過し重要文化財に指定されています。
宇迦之御魂大神（うかのみたまのおおかみ）、佐田彦大神（さたひこのおおかみ）、大宮能売大神（おおみやのめのおおかみ）、田中大神（たなかのおおかみ）、四大神（しのおおかみ）の五柱の神が祀られており、これらの神々を総称して稲荷大神とお呼びしています。
正面の唐破風をはじめ各蟇股には華麗な鳳凰や花の彫刻が施されています。